クラスファイルがサーバー移行時に変わる？

今、会社で某公式サイトの管理サーバーの移行をしていて、昨日〜今日とやってきましたが、今日プログラム移行時に一件問題が。
Javaでは.javaファイルをコンパイルってのをして、.classファイルにして、CPUが処理をします。
で、.classファイルはJava環境下では、だいたい動くってのがJavaの売りの一つですが、
なぜか旧サーバーのclassファイルと新サーバーのclassファイルをdiff(比較)すると、ファイルによっては差が出ています。
しかも差がないclassファイルもあったり。
javaファイルは同じなんだけどなぁ。
移行が心配になってきた。